Фонд «Археология» объединяет предметы, обнаруженные в местах захоронения жертв массовых расстрелов, бывших лагерях ГУЛАГа и других местах, связанных с историей репрессий. Комплектование его происходит в ходе экспедиций «Мемориала» и путем дарений от частных поисковиков. Наиболее результативные из прошлых экспедиций «Мемориала» – поездка на «Мертвую дорогу» (лагеря заключенных, работавших на строительстве железной дороги «Салехард-Игарка») под руководством А.В. Вологодского (1989 г.), и на Колыму под руководством С. Сигачева (2002), поисковые экспедиции Юрия Дмитриева. Практически все экспонаты этого фонда в той или иной степени повреждены и загрязнены, металлические части коррозированы, некоторые предметы находятся в руинированном состоянии.