Основателем тюрьмы считается ярославский генерал-губернатор Алексей Мельгунов, который в 1782 году обратился в Ярославскую казённую палату с предложением о постройке в Ярославле и других городах губернии тюрем. В 1800 году по указу Александра I началось строительство первых корпусов тюремного замка. Изначально тюрьма была пересыльным пунктом для арестантов, этапируемых в Сибирь. Ярославский этап был частью этапных тюрем в России. В качестве этапной тюрьмы Коровники просуществовали до 1830 года, после чего были преобразованы в арестантскую роту. В 1910 года Главное помещение было преобразовано в Ярославскую Временно-каторжную тюрьму «Коровники». Кроме ссыльнокаторжных в тюрьме в Коровниках содержались арестанты других категорий: следственные, приговоренные к заключению в тюрьме, в крепости, в исправительно-арестантском отделении. После революции Коровники стали тюрьмой, в котором в основном содержались участники крестьянских восстаний против Советской власти, а также представители духовенства, буржуазии и интеллигенции. Один из корпусов тюрьмы использовался как политизолятор. Через «Коровники» прошло множество известных людей всех слоев общества, в том числе религиозные деятели Агафангел (Преображенский), Андрей (Ухтомский), Василий (Дохторов), Василий (Преображенский), Димитрий (Смирнов), Екатерина (Абрикосова), Иларион (Троицкий), Кассиан (Ярославский), Сергий (Мечёв), Михаил Новосёлов; министр Временного правительства Александр Верховский; бывший председатель Совета Министров УНР Владимир Чеховский; белый генерал Анатолий Пепеляев; физиолог Алексей Ухтомский; лётчик Александр Каменев, комкор Гайк Бжишкян; революционерка Мария Спиридонова; будущая автор мемуаров «Крутой маршрут» Евгения Гинзбург и другие. С 1964 года — это СИЗО № 1 Ярославской области «Коровники» ИЗ-76/1 150001.